Der Name Enterobakterien (auch Enterobacteriales oder Enterobacteriaceae) leitet sich von enteron altgriechisch für „Darm“ ab, da ihren vorrangigen Lebensraum der Darm von Menschen und Tieren ist. Allerdings gehören auch viele freilebende und ubiquitär vorkommende, nicht darmbewohnende Bakterienarten in diese Familie.
Eine mögliche Ursache für die Kontamination des Fleisches mit Enterobakterien ist z.B. eine unsaubere Schlachthygiene und eine Verletzung des Darmes des Tieres beim Ausweiden, mangelnde Händehygiene bei den Mitarbeitern oder die Verwendung verschmutzter Arbeitsgeräte.

Escherichia coli (abgekürzt E. coli) ist ein gramnegatives, peritrich begeißeltes Bakterium, das normalerweise im menschlichen und tierischen Darm vorkommt. Innerhalb der Familie der Enterobakterien gehört E. coli zur bedeutenden Gattung. In der menschlichen Darmflora ist E. coli als Vitaminproduzent tätig. Es gibt allerdings auch zahlreiche pathogene Stämme und E. coli zählt zu einem der häufigsten Verursacher für Infektionskrankheiten. Einer dieser Stämme ist der sog. enterohämorrhagische E. coli, welcher zu einer schweren Gastroenteritis (Schleimhautentzündung des Magen-Darm-Traktes) führen kann.

Staphylokokken sind Grampositive, unbewegliche, kokkoide Bakterien. Sie wachsen üblicherweise unter sauerstoffreichen Bedingungen, aber auch in einer sauerstoffreduzierten Atmosphäre können sie sich vermehren. Unter Sauerstoffabschluss wachsen sie in der Regel nicht. Staphylokokken kommen natürlicherweise bei Menschen und Tieren als Besiedler von Haut und Schleimhäuten (insbesondere im Nasen-Rachen-Raum) vor. Allerdings können Staphylokokken bei Menschen und Tieren auch viele Infektionserkrankungen hervorrufen. Häufig kommt es zu Infektionen der Haut und der Weichteile wie Furunkel und Wundinfektionen. Auch schwerwiegende, systemische Krankheitsverläufe beispielweise durch eine Lungenentzündung, Endokarditis oder Blutvergiftung sind möglich. Bei Tieren sind sie außerdem verantwortlich für Mastitiden und können so etwa bei Milchkühen die Milchproduktion beeinträchtigen.
Der Nachweis von koagulase positiven Staphylokokken ist ein Indiz für mangelnde Betriebs- und Mitarbeiterhygiene, mangelhafte Kühlung, kontaminierte Rohware oder ungenügendes erhitzen des Lebensmittels.

Salmonellen sind Gram-negative fakultativ anaerobe Stäbchenbakterien aus dem Bereich der Enterobakterien, sie kommen weltweit vor. Eine Salmonellen-Erkrankung gehört zu den typischen Lebensmittelinfektionen, die Durchfall verursacht wird. Die Erreger vermehren sich im Magen-Darm-Trakt von Menschen und Tieren. Auch in Deutschland kommen hin und wieder größere Ausbrüche vor. Sie können sich schnell auf ungekühlten Lebensmitteln vermehren, gelangen aber auch unter Umständen durch schlechte Küchenhygiene ins Essen - zum Beispiel über verunreinigte Schneidebretter oder Oberflächen.

Häufig mit Salmonellen belastet sind:

• Rohe, bzw. nicht vollständig durchgegarte Eier und Eiprodukte wie Mayonnaise, Cremes oder Salate auf Eierbasis oder roher Kuchenteig
• Speiseeis
• Rohes Fleisch, rohes Hack bzw. Tatar, Rohwurstsorten wie Mett, Salami
• Auch pflanzliche Lebensmittel können mit Salmonellen besiedelt sein (über natürliche Düngung)

Listerien sind Gram-positive, stäbchenförmige, fakultativ anaerobe Bakterien der Gattung Listeria. Sie sind peritrich begeißelt und können sich somit schwimmend aktiv bewegen.
Listerien sind ubiquitär in der Natur verbreitet und ernähren sich von totem organischen Material. Zu finden sind sie sowohl auf Pflanzen (z.B. Salat) als auch im Darmtrakt von Menschen und Tieren. Schätzungsweise ein bis zehn Prozent der Menschen tragen Listerien im Darm und scheiden sie mit dem Stuhl aus.
Die Unterart Listeria monocytogenes kann die meldepflichtige Infektionskrankheit Listeriose verursachen. Durch die Aufnahme kontaminierter Nahrung (z.B. Rohmilch/Rohmilchkäse oder Rohwürste) gelangt L. monocytogenes in den Magen-Darm-Trakt von Mensch oder Tier.
Ursache für die Kontamination von Lebensmittel mit L. monocytogenes sind mangelhafte Mitarbeiter- und Betriebshygiene, kontaminiertes Ausgangsmaterial oder kontaminierte Verpackungen.
Da Listerien sehr kälteresistent sind (eine Vermehrung findet auch noch bei bis zu 0 °C statt!) und bevorzugt in feuchtem Milieu wachsen, sind auch Kühleinheiten oder Lüftungsanlagen eine Gefahrenstelle!

Pseudomonas ist eine Gattung stäbchenförmiger, mit polaren Geißeln sich aktiv bewegender, in der Regel aeroben Stoffwechsel betreibender, nie fermentierender, gramnegativer Bakterien. Auch als „Pfützenkeim“ bezeichnet, kommen Pseudomonaden beinahe überall in der Natur vor, bevorzugen allerdings feuchte Standorte. In wasserführenden Leitungssystemen neigen Pseudomonaden zur Bildung schwer zu beseitigender Biofilme und können somit über das Reinigungs- oder Prozesswasser an oder in die Geräte und somit in das Lebensmittel gelangen. Besonders Lebensmittel aquatischer Lebewesen (Fische, Muscheln, Krebse etc.) können mit Pseudomonaden kontaminiert sein.
Unter anderem führen Pseudomonaden aufgrund ihrer Lipase-Aktivität zu einem schnellen Fettverderb und damit zum ranzigwerden der Lebensmittel.

Hefen sind in der Lage in zuckerhaltigen und einfach zu verstoffwechselnden Kohlenstoffquellen in Lebensmitteln mit einem niedrigen pH-Wert zu wachsen. Ihre Stoffwechselendprodukte können zu Veränderungen der physikalischen, chemischen und sensorischen Eigenschaften der Lebensmittel und zu deren Verderb führen.
Oft ist das Wachstum von Hefen in Lebensmitteln auf der Oberfläche zu erkennen, es bilden sich ein weißlicher, grünlicher, bräunlicher oder gräulicher Belag auf der Oberfläche des kontaminierten Lebensmittels.

Wo Hefenkontaminationen meist recht oberflächlich sind, bleibt es bei Kontamination mit Schimmelpilzen bei vielen Lebensmitteln nicht nur oberflächlich, die „Wurzeln“ (Mycel) des Schimmels dringen auch tief in das Lebensmittel ein. Sieht man den Schimmelpilz auf einem Lebensmittel, kann man davon ausgehen, dass das Mycel sich bereits im gesamten Produkt ausgebreitet hat.
Schimmelpilzsporen sind ubiquitär in der Umwelt, beispielsweise auch in der Luft verbreitet und können deshalb auf unbehandelten Lebensmitteln mit mikrobiologischen Untersuchungsmethoden nachgewiesen werden. Diese Sporen sind in der Regel, wenn sie nicht massenhaft auftreten, für den Menschen ungefährlich.
In bestimmten Fällen können sie jedoch Allergien und bei Personen mit geschwächtem Immunsystem schwere Erkrankungen auslösen (sog. Mykosen). Des Weiteren können unterschiedliche Schimmelpilze, Giftstoffe, sog. Mykotoxine bilden.

Aber Schimmelpilze sind nicht nur Lebensmittelverderber: Sie werden auch gezielt eingesetzt um bestimmte Aromen zu erzeugen (z.B. Blauschimmelkäse). Diese Schimmelpilze werden als „Edelschimmel“ bezeichnet.